经历了扑克牌销售后，郁良觉醒了销售之魂，最终成为销售部部长。
斗地主成功提高了这个世界的幸福度，使得来自起源之海的食物大幅增多，刀霸因此信服，将非训练家联盟交给可达鸭，并建立精灵之城。
随着娱乐流深入人心，神奇宝贝联盟的传统受到影响，神奇宝贝对战不再成为主流，无奈之下，承认了精灵之城的存在。
由于食物充足，树果饼和牛奶的价值不复存在，最终商人联盟一部分解散，剩下的同样并入精灵之城。
可达鸭意外发现一种晶石，能够被他吸收并转化为超能力水滴，同时，各地出现了史前遗迹，同样有着水晶存在。
雪拉比说这是本源之力凝聚形成的水晶。
之后遗迹崩塌，出现了大量以晶石为动力的灾兽，他并非神奇宝贝而是机械体，精灵之城团结训练家，将目标转向机械灾兽。
被忽视的火箭队因此获得了发展时间，最终用梦幻基因培养出超级超梦，可达鸭迎战，不敌，最后进化为索罗亚克（之后解释），获得胜利。
坂木临死一搏，抓住了小智等人，并让他们黑化，机器灾兽猛然增多，雪拉比说世界再次将迎来终结。
最终精灵之城击溃了机械灾兽，但创世神阿尔宙斯开始苏醒，带着17块石板（包括普通系，不包括妖精系，超能石板一角破碎）毁灭世界，可达鸭进化的索罗亚克不敌，千钧一发的时候，胖丁出现，用催眠曲使得阿尔宙斯再度沉睡，世界恢复安定。
可达鸭在娜姿的帮助下，终于学会用超能力形成防护膜，可以隔绝水流不隔绝空气，可达鸭借助这个，在神兽的指引下，进入起源之海海底，见到了这个世界的实际管理者。
这只是与管理者通讯的设备，管理者向他道出真相。
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